Pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale n. 82 dell'8 aprile 2014 il Decreto del presidente del Consiglio n. 59 dell'11 febbraio 2014per la riorganizzazione del Ministero della salute.

Il nuovo assetto organizzativo, che sarà in vigore dal 23 aprile, andrà a sostituire quello attualmente in vigore, approvato con il decreto del Presidente della Repubblica 11 marzo 2011, n.108, rispondendo invece alla previsione di riduzione degli organici, operata con decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri 22 gennaio 2013, che ha ridotto del 20% i posti di funzione di livello dirigenziale generale (da 15 a 13) e di livello non generale (da 141 a 112) del dicastero.

In particolare, rispetto al vigente regolamento contenuto nel d.P.R. 108 del 2011, che prevede un’articolazione del dicastero in dipartimenti e in un ufficio generale, di livello non dipartimentale, delle risorse, dell’organizzazione e del bilancio, il nuovo disegno organizzativo si caratterizza per l’eliminazione delle strutture dipartimentali e la istituzione del segretariato generale, figura con cui, si legge nel provvedimento, si mira a “operare una razionalizzazione delle funzioni di coordinamento delle strutture ministeriali rafforzando l’unitarietà dell’agire amministrativo del Dicastero”.
 
La nomina del Segretario generale avverrà nei termini previsti dall'articolo 19, comma 3, del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165, e cioè con un decreto del Presidente della Repubblica, previa deliberazione del Consiglio dei  ministri,  su  proposta  del  Ministro  competente. Il segretario generale, tra le altre cose, svolgerà l'attività di coordinamento degli interventi delle direzioni generali in caso di emergenze sanitarie internazionali e informazione al Ministro sugli interventi svolti dalle direzioni generali conseguenti a stati di crisi, anche internazionali. Se in possesso delle appropriate competenze mediche e veterinarie, inoltre, il segretario generale svolge, nelle relazioni europee e internazionali, le funzioni di Chief Medical Officer e di Chief Veterinary Officer.
Il decreto stabilisce poi che il Ministero della salute si articoli in 12 Direzioni generali coordinate da un Segretario generale. Si tratta, in particolare, di:
Direzione generale della prevenzione sanitaria;
b) Direzione generale della programmazione sanitaria;
c) Direzione generale delle professioni sanitarie e delle risorse umane del Servizio sanitario nazionale;
d) Direzione generale dei dispositivi medici e del servizio farmaceutico;
e) Direzione generale della ricerca e dell'innovazione in sanita';
f) Direzione generale della vigilanza sugli enti e della sicurezza delle cure;
g) Direzione generale della sanita' animale e dei farmaci veterinari;
h) Direzione generale per l'igiene e la sicurezza degli alimenti e la nutrizione;
i) Direzione generale della digitalizzazione, del sistema informativo sanitario e della statistica;
l) Direzione generale degli organi collegiali per la tutela della salute;
m) Direzione generale della comunicazione e dei rapporti europei e internazionali;
n) Direzione generale del personale, dell'organizzazione e del bilancio.

Presso il Ministero opereranno il Consiglio Superiore di Sanità, il Comitato nazionale per la sicurezza alimentare, il Comitato di supporto strategico degli istituti zooprofilattivi sperimentali e gli altri organi collegiali e organismi pervisti dal Dpr n. 44 del 28 marzo 2013. Ma ci sarà anche un Organismo indipendente di valutazione della performance e la Conferenza permanente dei direttori generali la quale formula pareri sulle questioni comuni alle attivita' di piu' direzioni e puo' formulare proposte al Ministro della salute per l'emanazione di indirizzi e direttive. La conferenza si riunisce in via ordinaria almeno una volta ogni due mesi e in via straordinaria su richiesta del segretario generale o di almeno due direttori generali. La Conferenza si riunisce inoltre su richiesta del Ministro.

L'amministrazione periferica del Ministero sarà invece articolata nei seguenti uffici di livello dirigenziale non generale, che esercitano le proprie funzioni nell'ambito delle competenze riservate allo Stato:
a) uffici di sanita' marittima, aerea e di frontiera e servizi territoriali di assistenza sanitaria al personale navigante e
aeronavigante (USMAF-SASN);
b) uffici veterinari per gli adempimenti comunitari e posti di ispezione frontalieri (UVAC e UVAC-PIF).

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