A oggi, lo stato di attuazione del FSE nelle diverse regioni può essere così riassunto:
- Il nucleo minimo dei documenti clinici previsti non è stato pienamente implementato in tutte le Regioni, limitando significativamente l'utilità effettiva del FSE;

- Il FSE contiene prevalentemente documenti clinici con dati non strutturati, limitando così il suo utilizzo a fini analitici o non prettamente consultivi

-  Il FSE è implementato in maniera disomogenea nelle Regioni, sia in termini di contenuti che di standard, limitando così la portabilità dei contenuti da una Regione all'altra e l'accesso ad operatori dislocati su tutto il territorio nazionale.

Un'analisi dettaglita può essere consultata nel paragrafo dedicato allo stato di attuazione contenuto nelle Linee guida.